Το Π.Ε.Κ. διοικείται από Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από τον Αντιπρύτανη Έρευνας και Δια Βίου Εκπαίδευσης, ως Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και τους Διευθυντές των Ινστιτούτων ως μέλη
Αρμοδιότητες συμβουλίου
- αποφασίζει για όλα τα θέματα που αφορούν τη διοίκηση και τη λειτουργία του Π.Ε.Κ.,
- ρυθμίζει θέματα λειτουργίας και χρήσης των υποδομών και των εξοπλισμών του,
- συντάσσει και υποβάλλει προς τη Σύγκλητο τον τετραετή αναπτυξιακό προγραμματισμό του Π.Ε.Κ.,
- διατυπώνει γνώμη προς τη Σύγκλητο για τον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας και την οργανωτική δομή του Π.Ε.Κ.,
- διαχειρίζεται και αξιοποιεί τα ερευνητικά αποτελέσματα από τις δραστηριότητές του, στστ) αποφασίζει για τη διάθεση των πόρων
- λαμβάνει κάθε άλλη σχετική απόφαση για ενέργειες που σχετίζονται με την εκπλήρωση των σκοπών του,
Κάθε Ινστιτούτο του Π.Ε.Κ. διοικείται από τριμελή συντονιστική επιτροπή, στην οποία μετέχει ως Πρόεδρος ο Διευθυντής του Ινστιτούτου
Αρμοδιότητες συντονιστικής επιτροπής
- καταρτίζει την ερευνητική και αναπτυξιακή πολιτική του Ινστιτούτου,
- συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό που αφορά τις δραστηριότητες του Ινστιτούτου,
- εισηγείται προς τα αρμόδια όργανα τον προϋπολογισμό και τη σύναψη συμβάσεων προσωπικού, προμηθειών και υπηρεσιών που συνάπτει το Ινστιτούτο στο πλαίσιο του έργου της περίπτωσης δ΄ της παραγράφου 10,
- λαμβάνει κάθε άλλη σχετική απόφαση για ενέργειες που σχετίζονται με την εκπλήρωση των σκοπών του, σύμφωνα με όσα ορίζονται ειδικότερα στον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας της παραγράφου 13.
Αρμοδιότητες Διευθυντή του Ινστιτούτου
- φέρει την ευθύνη για τη λειτουργία του Ινστιτούτου,
- εισηγείται στο Συμβούλιο του Π.Ε.Κ. το ερευνητικό και αναπτυξιακό πρόγραμμα του Ινστιτούτου,
- προΐσταται των υπηρεσιών του Ινστιτούτου,
- ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που του ανατίθεται από το Συμβούλιο του Π.Ε.Κ. ή που ορίζεται ειδικότερα στον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας της παραγράφου 13. Αν ο Διευθυντής ελλείπει ή κωλύεται να ασκήσει τα καθήκοντά του ως μέλος του Συμβουλίου, τα καθήκοντα αυτά ασκούνται από μέλος της τριμελούς συντονιστικής επιτροπής, το οποίο ορίζεται κατά την πρώτη συνεδρίαση της επιτροπής, ύστερα από μυστική ψηφοφορία μεταξύ των μελών της. Αν ο Διευθυντής ελλείπει ή κωλύεται να ασκήσει τα καθήκοντά του ως μέλος της τριμελούς συντονιστικής επιτροπής, τα καθήκοντά του ασκούνται από τον Αντιπρόεδρο του Συμβουλίου του Π.Ε.Κ.